Η περιφέρεια διαιρείται σε 5 περιφερειακές ενότητες (ΠΕ) που συστάθηκαν με το Πρόγραμμα Καλλικράτης και ταυτίζονται γεωγραφικά με τα εδάφη των νομών. Οι 5 ΠΕ είναι της Βοιωτίας, Ευβοίας, Ευρυτανίας, Φθιώτιδας και Φωκίδας με πρωτεύουσες τις Λιβαδειά, Χαλκίδα, Καρπενήσι, Λαμία και Άμφισσα αντίστοιχα. Η ενότητα με τον μεγαλύτερο πληθυσμό είναι της Ευβοίας με 210.815 κατοίκους σύμφωνα με την απογραφή του 2011 και σε έκταση της Φθιώτιδας με 4.441 χλμ2.
Η Αιτωλοακαρνανία είναι μια ένωση της Αιτωλίας και της Ακαρνανίας. Ιστορική της πρωτεύουσά της θεωρείται το Μεσολόγγι και μεγαλύτερη πόλη και οικονομικό κέντρο το Αγρίνιο.
Στις ΠΕ υπάγονται 25 πρωτοβάθμιοι δήμοι (ΟΤΑ). Η περιφερειακή ενότητα της Βοιωτίας αποτελείται από 6 δήμους, της Ευβοίας από 8, της Ευρυτανίας από 2, της Φθιώτιδας από 7 και της Φωκίδας από 2. Ο δήμος με τον μεγαλύτερο πληθυσμό είναι της Χαλκίδας με 102.222 κατοίκους σύμφωνα με την απογραφή του 2011 και σε έκταση των Δελφών με 1122,93 τ.χμ.. Στην κατηγορία «πληθυσμός» αναγράφεται ο πραγματικός πληθυσμός της απογραφής 2011.